Con la finalidad de caracterizar la supervivencia-mortalidad de la Atresia Esofágica y los factores de riesgo, en el Centro Territorial de la Cirugía Neonatal de Holguín, se realizó un estudio de casos control, en un período de diez años. El universo estuvo constituido por el total de cirugías generales neonatales ingresadas (318) y la muestra por el total de neonatos con diagnóstico confirmado de Atresia Esofágica operada (67). La tasa de incidencia fue de 21,1 x 100 operados en la cirugía general neonatal, la de supervivencia 82,09% y la de mortalidad de 17,91%, con tendencia creciente la primera y decreciente la segunda. El bajo peso al nacer y la prematuridad influyeron desfavorablemente en la sobrevida de los recién nacidos con Atresia Esofágica (60 % de mortalidad en el de peso inferior a 2000grs y 42,9% en pretérminos), así como la corta estadía hospitalaria (mortalidad de 87,5%). La supervivencia depende de la variedad anatómica, es mayor en la atresia con fístula traqueoesofágica distal (86,7%), que por demás fue la más frecuente y de las condiciones clínicas óptimas del traslado, no del lugar de procedencia. El sexo y las malformaciones asociadas son independientes de la mortalidad. Las malformaciones cardiovasculares ocuparon el primer lugar en frecuencia. Se recomienda profundizar estudios sobre factores de riesgo, el uso de las Guías de Buenas prácticas para el traslado del neonato con Atresia Esofágica y la posibilidad de su futuro nacimiento en la localidad donde esté situada la Unidad quirúrgica- neonatal.