Se desarrolló un estudio observacional para determinar incidencia, mortalidad y factores asociados, así como tipificar las especies de Candida e identificar formas clínicas de Infección Fúngica invasora nosocomial en recién nacidos. En el 2007 la incidencia fue de 2,8 / 100 egresos y 0,8 / 100 egresos en el 2008.La mortalidad bruta fue0,4 / 100 egresos y la atribuible de 0,2 / 100 egresos. La incidencia y la mortalidad descendieron ya que en el 2008 no hubo fallecidos. Las principales causantes fueron: Candida no albicans 82,4% y Candida albicans 17,6%.Las formas clínicas: Candidiasis localizada 52,9% generalmente por Candida no albicans, Candidemia 47,1 % también predominando las especies de Candida no albicans. La prematurez, la ventilación mecánica, el cateterismo venoso central , el uso de esteroides y los antibióticos de amplio espectro fueron factores asociados a la mortalidad. Se concluyó que la incidencia y mortalidad de las infecciones sistémicas por Candida de origen nosocomial en recién nacidos, son menores que las reportadas por la literatura, la ventilación mecánica, el cateterismo venoso central, el uso de antibióticos de amplio espectro y los esteroides, junto a la anemia fueron factores de riesgo asociados a la mortalidad; y las especies no albicans han desplazado a la Candida albicans convirtiéndose en el responsable de infecciones fúngicas nosocomiales en neonatos.