El objetivo de la investigación fue evaluar el comportamiento de la cirugía neonatal en el servicio de neonatología del Hospital Pediátrico Provincial de Holguín en el período comprendido de enero de 1990 a diciembre del 2006. Para ello se realizó un estudio descriptivo donde se revisaron los expedientes clínicos, los protocolos de necropsia y las actas del comité de intervenciones quirúrgicas. Se utilizó la estadística descriptiva. Resultados: El universo estuvo conformado por 371 neonatos quirúrgicos, se estudió la morbilidad y mortalidad general y en los fallecidos por afecciones complejas se encontró que la prematuridad (56.9%), el bajo peso (65.5%) y la necesidad de ventilación mecánica al nacer independientemente de la causa (67.2%), son factores pronósticos de vital importancia para la supervivencia. Se observó que a pesar de que evolutivamente la morbilidad en el neonato quirúrgico se mantuvo sin cambios significativos, la mortalidad disminuyó en los últimos seis años con resultados superiores a la media nacional (tasas de supervivencia global 89.3, específica 87.8 y en afecciones complejas 84.2). La sepsis y sus eventos asociados fueron las principales causas de muerte (78.9%). Conclusiones: La atresia esofágica, las atresias y estenosis intestinales, los defectos de la pared abdominal y la hernia diafragmática deben considerarse como afecciones no solucionadas en el sistema de salud cubano. Se identificaron indicadores de calidad que permiten la evaluación de los servicios de cirugía neonatal, la que debe regionalizarse y realizarse en centros altamente especializados.